在《ro反滲透膜系統停機問題匯總》中介紹了停運一個RO反滲透膜系統的程序，同樣適用于納濾膜系統，納濾膜元件在系統停運48小時以上時，也須進行保存處理，以防止微生物的生長，根據過去系統運行的歷史經驗，幾乎所有系統的膜元件在停用或保存前均應進行化學清洗，當已知膜有污染或懷疑有污染的情況時這一步驟更加重要。
以下為納濾膜系統停運時的保護措施，在清洗之后的10小時之內，須實施如下的保護措施：
1. 將納濾膜元件浸沒在1~1.5%SMBS保護液中，并將空氣從壓力容器內趕走。建議采用溢流技術，通過循環SMBS溶液，使系統內的殘留空氣最少，才算完成循環；
2. 關閉所有閥門以防止空氣與保護液接觸，因為這樣的接觸會氧化SMBS；
3. 每周檢查一次保護液pH值，當pH低于3時，應更換保護液；
4. 每月更換一次保護液。
在停運期間，須防止納濾膜系統結冰，最高溫度不可超過45℃，滿足上述條件時，保存環境溫度越低越好。
用過的廢元件可以按照一般市政廢物處理，只要納濾膜組件滿足下述條件：
1、元件內不含保護液或其它有毒液體；
2、膜面上不存在有毒物質（如果納濾膜元件用于廢水處理時）。
